Particolare rilevo nel complesso del Santuario assume l’organo realizzato agli inizi del 1700 ad opera di Giuseppe Bonatti di Desenzano.
Le cronache narrano di molteplici processioni dai paesi della provincia avvenute fra il 1711 e 1712 con la partecipazione di oltre 50.000 pellegrini. Grazie al ricavato delle offerte, delle messe votive e dei lasciti la comunità rezzatese si accinse al completo rinnovamento del Santuario, fra cui la realizzazione del nuovo organo.
Nel 1956 l’organologo inglese Walter Shering durante un suo viaggio in Italia ebbe modo di riscoprire e di rivalutare lo strumento che nel 2002 è stato oggetto di restauro.