A quale antica pieve appartenesse questa chiesa non è noto. Alcuni credettero di poterla incorporare al pievato di Nuvolento (P. Guerrini), altri a Rezzato (Gabriele Rosa). Forse appartenne alla vecchia chiesa di S. Maria e SS. Faustino e Giovita in colle a Botticino Mattina, ancora esistente e di molto interesse.
Il Vescovo di Brescia Mons. Gabrio Maria Nava nell'anno 1829 chiamò la chiesa parrocchiale in Virle con l'onorifico nome di "chiesa plebana"; non conosciamo però in base a quali ragioni.
La consultazione degli atti di visita pastorale in accordo con l'esame dei resti, tuttora visibili nell'ambiente del retro coro, fanno conoscere molte particolarità circa l'edilizia della precedente chiesa, dalla quale qui esponiamo qualche annotazione, credendo di fare cosa gradita al nostro lettore. Essa si trovava nello spazio ora occupato dal coro, dalla sacrestia, e parzialmente dalla casa parrocchiale, con orientazione ovest-est, secondo l'uso tradizionale, che voleva come il celebrante volgesse lo sguardo all'est, cioè al levar del sole. Poco più piccola dell'attuale, aveva una facciata rustica (senza intonaco) rivolta all'ovest. La porta principale non aveva vestibolo né copertura antistante, ma sopra di essa era una finestra circolare che lasciava passare i raggi solari al tramonto.
La chiesa aveva tre navate e qualche finestra ai lati; nel XVI secolo vi stavano nell'interno cinque altari: uno al centro dove ora è la sacrestia; nella navata settentrionale erano gli altari di S. Rocco, e poco più ad ovest, vicino all'ingresso, quello della Scuola del SS. Sacramento che il Vescovo Bollani ordinava di trasferire. Nella navata meridionale era la cappella del santo Rosario, tutta affrescata, e poco più a ponente l'altare di S. Antonio pure esso decorato con varie pitture.
Nell'ambiente di ripostiglio del retro-coro, come abbiamo detto, è rimasta una parte della navata settentrionale con colonna e capitello murato, certamente di età non diversa dal tardo Medioevo. Alcune decorazioni del soffitto ne danno la conferma.
All'esterno, nell'orto dell'arciprete, è ancora ben visibile la vecchia abside poligonale, che in uno dei suoi lati, quello che prospetta a sud-est porta il segno di chiusura della finestra che per molto tempo illuminò l'altare maggiore.